A Nemzeti Nyomozó Iroda el is indította a nyomozást befolyással üzérkedés, csalás, vesztegetés, vesztegeés elfogadása, hivatali visszaélés és hűtlen kezelés gyanújával. A rendőrség a nyomozás keretében kutatásokat is tartott, többek között a Budapest Főváros Vagyonkezelő Központ Zrt. Attila úton lévő székházában is megjelentek a nyomozók. Később kiderült, a Városházán a főjegyzőnél és Kiss Ambrus általános főpolgármester-helyettesnél is tartottak kutatást, a nyomozati cselekmény során pedig számítógépes adathordozókat vizsgáltak meg.
Azt nem tudni, hogy az NNI kiket „szólított meg”, de tény, hogy Bajnai Gordon – a gyanúsításokhoz nagyon közel eső időpontban – a Facebook-oldalán közzétette a korábban már említett bejegyzését, amely szerint a rendőrség felfüggesztette azt a tiltott adatszerzés miatt indított nyomozást, amelyben ő tette meg a feljelentést, miután kiszivárogtak róla a hangfelvételek. Bajnai azt bizonygatta, hogy a rendőrség is leírta a határozatában, hogy a róla megjelent felvételek összevágottak. Később Karácsony Gergely is posztolt és kamunak nevezte a Városháza-ügyet. Bajnai és a főpolgármester csupán azt felejtette el megemlíteni, hogy a most meggyanúsított személyeket nem a sajtóba kikerült hanganyagok, hanem a teljes, vágatlan, tízórányi felvételek alapján vehették elő, amiket Anonymus juttatott el a nyomozóknak még tavaly karácsony előtt.
Az ügyben ráadásul egy nagyon fontos koronatanút is kihallgattak a rendőrök, akin keresztül Berki Zsolt az amerikai befektetőknek ajánlotta fel a Városházát.
Az 1-es számú tanú kijelentette, hogy három alkalommal egyeztetett az adásvétel ügyében Berkivel, akit már három éve ismer, és aki rendszeresen küldött neki e-maileket az eladó fővárosi ingatlanokról. Az 1-es számú tanú a nyomozók kérdésére elmondta: az egyik személyes találkozón szóba került, hogy a Városháza ára negyvenmilliárd forint lenne, a „jutalék” pedig tíz százalék, amelyet a tanú sokallt. Azt állította, Berki Zsolt neki azt mondta, hogy amennyiben komolyan érdeklődik az üzlettel kapcsolatosan, úgy majd Tüttő Kata főpolgármester-helyettessel kell tárgyalnia. Később Berki küldött az 1-es tanúnak egy szerződéstervezetet, amelyben benne volt a vételár és a „jutalék” is. Előbbi összeg „harmincvalamennyire” változott, utóbbi, vagyis a „jutalék” mértéke viszont maradt tíz százalék.